根据所承担的工作职责和编制总量，通化市农业科学研究院设16个内设机构。
行政管理机构8个：
（一）办公室（党委办公室、院长办公室）
（二）人事教育处
（三）计划财务处
（四）科研管理处
（五）技术开发处
（六）总务处
（七）保卫处
（八）工会
科学研究机构8个：
（一）水稻研究所
（二）玉米研究所
（三）作物研究所
（四）综合研究所
（五）植物研究所
（六）生物技术研究所
（七）科技信息研究所
（八）测试中心
